核苷酸和/或氨基酸序列表和序列表电子文件标准

符号

含义

名称的来源

a

A

腺嘌呤

g

G

鸟嘌呤

c

C

胞嘧啶

t

T

胸腺嘧啶

r

g或a

嘌呤

y

t/u或c

嘧啶

m

a或c

氨基

k

g或t/u

酮基

s

g或c

弱作用

３Ｈ键

w

a或t/u

强作用

２Ｈ键

b

g或c或t/u

非a

d

a或g或t/u

非c

h

a或c或t/u

非g

v

a或g 或c

非t,非u

n

a或g或c或t/u，未知，或其它

任何

符号

含义

ac4c

４－乙酰胞苷

chm5u

５－（羧羟甲基）尿苷

cm

２'－O－甲基胞苷

cmnm5s2u

５－羧甲基氨甲基－２－硫代尿苷

cmnm5u

５－羧甲基氨甲基尿苷

d

二氢尿苷

fm

２'－O－甲基假尿苷

gal q

β，D－半乳糖Q核苷

gm

２'－O－甲基鸟苷

i

肌苷

i6a

Ｎ６－异戊烯基腺苷

mla

１－甲基腺苷

mlf

１－甲基假尿苷

mlg

１－甲基腺苷

mli

１－甲基肌苷

m22g

２'２－二甲基腺苷

m2a

２－甲基腺苷

m2g

２－甲基鸟苷

m3c

３－甲基胞苷

m5c

５－甲基胞苷

m6a

Ｎ６－甲基腺苷

m7g

７－甲基鸟苷

mam5u

５－甲基氨基甲基尿苷

mam5s2u

５－甲氧基氨基甲基－２－硫代尿苷

man q

β，D－甘露糖Q核苷

mcm5s2u

５－甲氧基羰基甲基－２－硫代尿苷

mcm5u

５－甲氧基羰基甲基尿苷

mo5u

５－甲氧基尿苷

ms2i6a

２－硫代甲基－Ｎ６－异戊烯基腺苷

ms2t6a

Ｎ－（（９－β－Ｄ－呋喃核糖基－２－硫代甲基嘌呤－６－Ｙl）氨基甲酰）苏氨酸

mt6a

Ｎ－（（９－β－Ｄ－呋喃核糖嘌呤－６－yl）N－甲基氨基甲酰）苏氨酸

mv

尿苷－５－氧化乙酸－甲基酯

o5u

尿苷－５－氧化乙酸

osyw

Wybutoxosine

p

假尿苷

q

Q核苷

s2c

２－硫代胞苷

s2t

５－甲基－２硫代尿苷

s2u

２－硫代尿苷

s4u

４－硫代尿苷

t

５－甲基尿苷

t6a

Ｎ－（（９－β－Ｄ－呋喃核糖嘌呤－６－基）－氨基甲酰）苏氨酸

tm

２'－Ｏ－甲基－５－甲基尿苷

um

２'－Ｏ－甲基尿苷

yw

Wybutosine

x

３－（３－氨基－３－羧基－丙其）尿苷，（acp3）u

符号

含义

Ala

丙氨酸

Cys

半胱氨酸

Asp

天冬氨酸

Glu

谷氨酸

Phe

苯丙氨酸

Gly

甘氨酸

His

组氨酸

Ile

异亮氨酸

Lys

赖氨酸

Leu

亮氨酸

Met

蛋氨酸

Asn

天冬酰酸

Pro

脯氨酸

Gln

谷氨酰胺

Arg

精氨酸

Ser

丝氨酸

Thr

苏氨酸

Val

缬氨酸

Trp

色氨酸

Tyr

酪氨酸

Asx

天冬氨酸或天冬酰胺

Glx

谷氨酸或谷氨酰胺

Xaa

未知或其它

符号

含义

Ala

丙氨酸

Cys

半胱氨酸

Asp

天冬氨酸

Glu

谷氨酸

Phe

苯丙氨酸

Gly

甘氨酸

His

组氨酸

Ile

异亮氨酸

Lys

赖氨酸

Leu

亮氨酸

Met

蛋氨酸

Asn

天冬酰酸

Pro

脯氨酸

Gln

谷氨酰胺

Arg

精氨酸

Ser

丝氨酸

Thr

苏氨酸

Val

缬氨酸

Trp

色氨酸

Tyr

酪氨酸

Asx

天冬氨酸或天冬酰胺

Glx

谷氨酸或谷氨酰胺

Xaa

未知或其它

符号

含义

Aad

２－氨基已二酸

bAad

３－氨基已二酸

bAla

β一丙氨酸，β一氨基丙酸

Abu

２－氨基丁酸

4Abu

４－氨基丁酸，哌啶酸

Acp

６－氨基已酸

Ahe

２－氨基庚酸

Aib

２－氨基异丁酸

bAib

３－氨基异丁酸

Apm

２－氨基庚二酸

Dbu

２，４二氨基丁酸

Des

赖氨素

Dpm

２，２'－二氨基庚二酸

Dpr

２，３－二氨基丙酸

EtGly

Ｎ－乙基甘氨酸

EtAsn

Ｎ－乙基天冬氨酸

Hyl

羟基赖氨酸

aHyl

别－羟基赖氨酸

3Hyp

３－羟基脯氨酸

4Hyp

４－羟基脯氨酸

Ide

异赖氨素

aIle

别－异亮氨酸

MeGly

Ｎ－甲基甘氨酸，肌氨酸

MeIle

Ｎ－甲基异亮氨酸

MeLys

６－Ｎ－甲基赖氨酸

MeVal

Ｎ－甲基缬氨酸

Nva

正缬氨酸

Nle

正亮氨酸

Orn

鸟氨酸

关键词

说明

allele

相关的个体或菌株含有相同基因的稳定的其它形式,该形式区别

于这一位置的现有的序列(和或许其它序列)

attenuator

1. 存在调节转录的终止的DNA区域,它控制了一些细菌操纵子的表达;

(2)位于启动子和第一个结构基因之间，引起转录的部分终止的序列区段

C_region

免疫球蛋白轻和重链的恒定区,和T-细胞受体α,β,和γ链；根据特定的链可
包括一个或多个外显子

CAAT_signal

CAAT盒;位于可能参与RNA聚合酶结合的真核生物转录单位的起始点的75bp
上游的保守序列的一部分；共有序列＝GG(C或T)CAATCT

CDS

编码序列;对应于蛋白质中的氨基酸序列的核苷酸的序列(位置包括终止密码子)
;特征包括氨基酸概念上的翻译

Conflict

在这一位点或区域,单独确定的“相同”序列有所不同

D-loop

置换环；线粒体DNA内的一个区域,其中RNA的短的序列与DNA的一条链配对,
代替了这一区域的原始配对DNA链;也用于说明在RecA蛋白质催化的反应中，
侵入的单链替代双链DNA的一条链的区域

D-segment

免疫球蛋白重链的多变区,和T-细胞受体的β链

Enhancer

顺式-作用序列,它增强了(一些)真核生物启动子的作用,并能在任一方向和与
启动子相关的任何位置处 (上游或下游)起作用

Exon

编码剪接mRNA部分的基因组区域;可以含有5'UTR,所有CDS,和3'UTR

GC_signal

GC盒;位于真核生物转录单位起始点上游的保守的富含GC区域,可以以多重拷贝
或任一方向存在;共有序列=GGGCGG

gene

鉴定为基因的生物学意义的区域,并已经指定名称

iDNA

间插DNA;通过几种重组中的任何一种能被消除的DNA

intron

被转录的DNA区段,但通过同时剪接位于其两侧的序列(外显子)即可从转录本内
部将其除去

J_segment

免疫球蛋白轻链和重链的连接区段,和T-细胞受体α,β和γ链

LTR

长的末端重复,在确定序列的两端直接重复的序列, 类型典型地见于逆转录病毒中

mat_peptide

成熟的肽或蛋白质的编码序列;翻译后修饰之后成熟的或最终的肽或蛋白质产物
的编码序列;位置不包括终止密码子(与相应的CDS不同)

misc_binding

不能用任何其它Binding关键词(primer_bind或protein_bind)表述的与另一个
组成成分共价或非-共价结合的核酸中的位点

misc_

difference

特征序列与记载中存在的有所不同,并且不能用任何其它不同关键词(conflict,unsure,old_sequence,mutation,variation,allele或modified_base)
表述

misc_feature

不能用任何其它的特征关键词表述的具有生物学意义的区域;新的或少见的特征

misc_recomb

任何一般性的,位点特异性的或复制的重组事件的位点,该位点中有不能用其它重组
关键词(iDNA和virion)或来源关键词的修饰词(/transposon,/proviral)表述的
双螺旋DNA的断裂和愈合

misc_RNA

不能用其他RNA关键词（prim_transcript,precursor_RNA,mRNA,5'clip,3'clip,5'UTR,3'UTR,exon,CDS,
sig_peptide,transit__ __peptide,mat_peptide,intron,polyA_site,

rRNA,tRNA,scRNA和snRNA)限定的任何转录本或RNA产物

misc_signal

含有控制或改变基因功能或表达之信号的任何区域,所述信号不能用其他Signal关键词(promoter,CAAT_signal,TATA_signal,-35_signal,10_signal,GC_signal,RBS,polyA_signal,enhancer,attenuator,
terminator,和rep_origin)表述

misc_structure

不能用其他Structure关键词(stem_loop和D-loop)表述的任何二级或三级结构或构象

modified_base

被指示的核苷酸是经修饰的核苷酸,并应由被指示的分子(在mod_base修饰词意义中给出)所取代

mRNA

信使RNA；包括5'非翻译区(5'UTR)，编码序列(CDS，外显子)和３'非翻译区（３'UTR）

mutation

在此位置处，相关品系的序列中具有突然的，可遗传的变化

N_region

在重排的免疫球蛋白区段之间插入的额外的核苷酸

Old_sequence

在此位置处，所表述的序列修改了此序列以前的版本

PolyA_signal

聚腺苷酸化之后内切核酸酶裂解RNA转录本所必需的识别区域；共有序列＝AATAAA

PolyA_site

RNA转录本上的位点,通过转录后聚腺苷酸化该位点将被加上腺嘌呤残基

Precursor_RNA

仍不是成熟的RNA产物的任何RNA种类；可包括5'剪切区(5'clip)，5'非翻译区(5'UTR)，编码序列(CDS，外显子)，间插序列（内含子），3'非翻译区（3'UTR）,和3'剪切区(3'clip)

prim_transcript

初级（最初的，未加工的）转录本；包括５'剪切区（５'clip）,５'非翻译区（５'UTR）,编码序列(CDS,外显子),间插序列(内含子),3'非翻译区(3'UTR)和3'剪切区(3'clip)

prim_bind

起始复制,转录或逆转录的非－共价的引物结合位点;包括合成的例如PCR引物元件的位点

Promoter

参与RNA聚合酶的结合以启动转录的DNA分子区域

protein_bind

核酸上非－共价的蛋白质结合位点

RBS

核糖体结合位点

repeat_region

含有重复单位的基因组区域

repeat_unit

单个重复元件

rep_origin

复制起点;复制核酸以得到两个相同拷贝的起始位点

RRNA

成熟的核糖体RNA；将氨基酸装配成蛋白质的核糖核蛋白颗粒（核糖体）中的RNA成份

S_region

免疫球蛋白重链的开关区；它参与重链DNA的重排,导致来自相同B－细胞的不同免疫球蛋白类的表达

Satellite

短的基本重复单位的很多串联重复(相同或相关的);大多数具有的碱基组成或其它性质与基因组的一般水平不同,这使得它们与大部分(主带)的基因组DNA分离开来

ScRNA

小的细胞质RNA;几个小的细胞质ＲＮＡ分子中的任何一个存在于真核生物的细胞质和（有时）核中

sig_peptide

信号肽编码序列；被分泌的蛋白质的Ｎ－末端结构域的编码序列；此结构域涉及新生多肽与膜的结合；前导序列

SnRNA

小的核RNA；很多小的RNA种类中的任何一个都被局限于核中；几个snRNA参与剪接或其它RNA加工反应

source

鉴定序列中特定范围的生物来源；此关键词是强制性的；每一项至少要有一个跨越整个序列的单一来源关键词；每个序列可允许有一个以上的来源关键词

stem_loop

发卡结构；由RNA或DNA单链的相邻（反向）互补序列之间的碱基一配对形成的双螺旋区域

STS

序列标记位点：表述基因组上作图界标并能通过PCR检测的短的，单拷贝DNA序列；通过测定STS系列的次序即可作出图谱的基因组区域

TATA_signal

TATA盒；Goldberg-Hogness盒；在每个真核生物RNA聚合酶Ⅱ转录单位起点前约25bp处发现的保守的富含AT的七聚体，它可能涉及使酶定位以正确地起始；共有序列＝TATA（Ａ或Ｔ）Ａ（Ａ或Ｔ）

terminator

或者位于转录本的末端或者与启动子区域相邻的DNA序列，该序列可导致RNA聚合酶终止转录；也可以是阻抑蛋白的结合位点

transit_peptide

转运肽编码序列；核编码的细胞器蛋白质Ｎ－末端结构域的编码序列；此结构域参与将蛋白质翻译后运送到细胞器中

tRNA

成熟的转移RNA,，小的RNA分子（75－85个碱基长），介导核酸序列翻译成氨基酸序列

unsure

作者不能确定此区域的准确序列

V_region

免疫球蛋白轻链和重链的可变区，和Ｔ－细胞受体α，β和γ链；编码可变的氨基末端部分；可由V＿segment,D_segment,N_region和J_segment组成

V_segment

免疫球蛋白轻链和重链的可变区段，和T －细胞受体α，β和γ链；编码大多数可变区（v_region）和前导肽的最后几个氨基酸

variation

含有来自相同基因的稳定突变的相关系列（例如RFLP，多态性等），在此（和可能其它）位置处所述相同基因与被表述的不同

3’clip

在加工过程中被切下的前体转录本3'端大部分区域

3’UTP

不被翻译成蛋白质的成熟转录本的３'末端区域（终止密码子之后）

5’clip

在加工过程中被切下的前体转录本５'端大部分区域

5’UTP

不被翻译成蛋白质的成熟转录本的５'末端区域（起始密码子之前）

_ 10 _signal

Pribnow盒；细菌转录单位起点上游约10bp处的保守区域,它可能参与结合RNA聚合酶;共有序列=TatAaT

_ 35 _signal

细菌转录单位起点上游约35bp处的保守六聚体；共有序列=TTGACa[]或TGTTGACA[]

关键词

说明

CONFLICT

不同的论文报道了不同的序列

VARIANT

作者报道存在序列变体

VARSLIC

由可选择的剪接产生的序列变体的表述

MUTAGEN

经实验操作已改变的位点

MOD_RES

残基的翻译后修饰

ACETYLATION

N－末端或其它

AMIDATION

通常位于成熟的活性肽的C－末端

BLOCKED

不能被测定的N－或C－末端封闭基团

FORMYLATION

N－末端甲硫氨酸的

GAMMA-CARBOXY-

GLUTAMIC ACID

HYDROXYLATION

天冬酰胺，天冬氨酸，脯氨酸或赖氨酸的

METHYLATION

通常为赖氨酸或精氨酸的

PHOSPHORYLATION

丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸，天冬氨酸或组氨酸的

PYRROLIDONE

CARBOXYLICACID

已形成内部环内酰胺的N－末端谷氨酸

SULFATATION

通常为酪氨酸的

LIPID

脂质组成成分的共价结合

MYRISTATE

通过酰胺键与蛋白质成熟形式的N－末端甘氨酸残基或内部的赖氨酸残基结合的豆蔻酸基团

PALMITATE

通过硫酯键与半胱氨酸残基或通过酯键与丝氨酸或苏氨酸残基结合的棕榈酸基团

FARNESYL

通过硫酯键与半胱氨酸残基结合的法尼基

GERANYL-GERANYL

通过硫酯键与半胱氨酸残基结合的香叶基－香叶基基团

GPI＿ANCHOR

与蛋白质成熟形式Ｃ－末端残基的α－羧基相连的糖基－磷脂酰肌醇（GPI）基团

N＿ACYL

DIGLYCERIDE

原核生物脂蛋白成熟形式的N－末端半胱氨酸，所述脂蛋白具有酰胺－键联的脂肪酸和通过酯键连接了两个脂肪酸的甘油基

DISULFID

二硫键；“FROM”和“TO”终点表示通过一个链－内二硫键连接的两个残基；如果“FROM”和“TO”终点是完全相同的，则二硫键是链－间键，而说明书领域示出交联的性质

THIOLEST

硫醇酯键；“FROM”和“TO”终点表示通过硫醇酯键连接的两个残基

THIOETH

硫醚键；“FROM”和“TO”终点表示通过硫醚键连接的两个残基

CARBOHYD

糖基化位点；碳水化物（如果已知）的性质在说明书领域给出

METAL

金属离子的结合位点；说明书领域示出金属的性质

BINDING

任何化学基团（辅酶，辅基，等等）的结合位点；基团的化学性质在说明书领域给出

SIGNAL

信号序列的范围（前肽）

TRANSIT

运转肽的范围（线粒体，叶绿体或微体）

PROPEP

前肽的范围

CHAIN

成熟蛋白质中多肽链的范围

PEPTIDE

被释放的活性肽的范围

DOMAIN

序列中感兴趣的区域的范围；所述区域的特征在说明书领域给出

CA＿BIND

钙－结合区域的范围

DNA＿BIND

DNA-－结合区域的范围

NP_BIND

核苷酸磷酸酯结合区域；核苷酸磷酸酯的特征示于说明书领域

TRANSMEM

转膜区域的范围

ZN_FING

锌指区域的范围

SIMILAR

与另一个蛋白质序列具有相似性的区域；与那个序列有关的精确的资料在说明书领域给出

REPEAT

内部序列重复的范围

HELIX

二级结构；螺旋，例如α－螺旋，３（10）螺旋，或Pi-螺旋

STRAND

二级结构；β－链，例如氢键连接的β－链，或分离的β－桥中的残基

TURN

二级结构转角，例如Ｈ－键连的转角（３－转角，４－转角或５－转角）

ACT_SITE

涉及酶活性的氨基酸

SITE

序列中任何其它感兴趣的位点

INIT_MET

已知序列以起始密码子甲硫氨酸开始

NON_TER

序列末端的残基不是末端残基；如果应用于位置１，这表示第一个位置不是完整分子的Ｎ－末端；如果应用于最后一个位置，这表示此位置不是完整分子的Ｃ－末端；对此关键词没有说明书领域

NON_CONS

非连串残基；表示序列中的两个残基不是连串的，在它们之间有很多末测序的残基

UNSURE

序列的不确定性；用于表述不能确定序列排列的序列区域